Das Molkenhaus soll also im Zuge der Transformationsstufe 2) zu einem Museum eingerichtet werden. Das Baudenkmal selbst wird Teil der Präsentationen. Es stellt sich als das Erste Hauptwerk Carl Friedrich Schinkels gleichsam selbst aus, so wie es überkommen ist. Als Teil des Vorwerks, dessen Wirtschaftsbauten fragmentarisiert sind, präsentiert es das Ensemble museal.

In der Ausstellung im Molkenhaus wird das Korkmodell des Baus wie er im Jahre 1803 errichtet worden sein dürfte, also eine hypothetische Rekonstruktion gezeigt. Das Modell erlaubt Purifizierung, das Baudenkmal selbst erlaubt nur in notwendigen Einzelheiten Anpassungen, damit es als architektonisches Denkmal eines großartigen Werks erfahren werden kann.

Das Museum zeigt zwei Dauerausstellungen im Molkenhaus. Zunächst im Parterre des südlichen Seitenschiffs, in der ehemaligen Käsekammer, wird zur Geschichte des Oderbruchs ( Trockenlegung seit 1747 ) und zu den allgemein agrarwirtschaftlichen Bedingungen der Entstehung des Vorwerks, zur Dezentralisierung der Gutswirtschaft als letzte Form der Intensivierung vor der Entwicklung der Chemie als Produktivfaktor, zu den bestimmten lokalen Bodenverhältnissen im Oderbruch, zur Planung durch den innovativ ambitionierten Bauherrn von Prittwitz usw. usf. – Es wird von der Butter- und Käseproduktion für die Stadt (Berlin) berichtet, und schließlich von den Veränderungen des Vorwerks in den vergangenen zweihundert Jahren.

Die Kunstform der ornamented farm, erdacht vom jungen Schinkel, wird kunstgeschichtlich in Zusammenhang mit vergleichbaren Objekten und mit möglichen Vorbildern gebracht.

In der zweiten Abteilung der Ausstellung, im Saal im oberen Stockwerk des Mittelschiffs wird das Molkenhaus sowohl als nützliches Gebäude wie auch als Artefakt (dairy im Landschaftgarten) erläutert und es werden die Beziehungen zu anderen architektonischen Arbeiten Schinkels, die in seiner Zeit als Mitarbeiter im Bureau bei David und Friedrich Gilly entstanden sind (Schloß Buckow, Steinmeyersches Haus in Berlin, Schloß Köstritz, etc.), hergestellt und theoretisch reflektiert. Das Molkenhaus wird erklärt aus den architektonisch materiellen Beziehungen zu diesen Arbeiten. Die rationalistischen und technischen Einflüsse des einen und die künstlerischen des anderen Lehrers, des jungen, sehr ambitionierten Schinkel im Preußen vor den napoleonischen Kriegen werden thematisiert.

Die Bedeutung seines Ersten Hauptwerks im Zusammenhang seiner gesamten Produktion als Architekt ist Gegenstand der Präsentation, relativiert in der europäischen Architekturgeschichte um 1800.

Es werden – bis auf das Modell – freilich nur Reproduktionen von Zeichnungen, Möbeln und kunstgewerblichen Gegenständen nach Schinkels Entwurf gezeigt, aus versicherungstechnischen Gründen also keine wertvollen Originale.

Eine Publikation als Katalog ist bereits zur Eröffnung der Ausstellung im Juni 2006 vorgelegt worden; eine zweite, erweiterte Auflage ist zur Eröffnung des Museums geplant; dazu ein kleiner Kunstführer.

Die Öffnungszeiten des Museums werden sich an dem Interesse des Publikums orientieren.